各ステージの最後に、ボスとして待ち構えている。
各ニンジャには弱点となるヒサツ・ワザが設定されており、それを当てると短時間スタンさせることができる。
ボスエリアに入る前にヒサツ・カウントを貯めておき、ナラクモードになってから
弱点ヒサツ・ワザ→通常攻撃3連コンボ→弱点ヒサツ・ワザ→…とすれば大抵の相手には楽に勝てる。
| 名称 | 出現場所 | 弱点ヒサツ・ワザ |
| アーソン | ハイビル | ポン・パンチ |
| クラウドバスター | オニガワラツェッペリン | ポン・パンチ |
| ソニックブーム | ネオサイタマ シガイチ | ポン・パンチ |
| インターラプター | ホームレスキャンプ | アラバマオトシ |
| アイアンヴァイス | コケシマート | ツヨイ・スリケン |
| ダイダロス | コトダマクウカン | ドラゴン・トビゲリ |
| ノトーリアス | ヨロシサンセイヤク ダイイチプラント | サマーソルト・キック |
| バジリスク | コウソクドウロ | ポン・パンチ |
| ダークニンジャ | トコロザワピラー | ツヨイ・スリケン |
| ヘルカイト | トコロザワピラー | ドラゴン・トビゲリ |
| ゲイトキーパー | トコロザワピラー | アラバマオトシ |
| ラオモト | トコロザワピラー | ポン・パンチ(1戦目) サマーソルト・キック(2戦目) |
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